国家基因组科学数据中心

  一、中心成立及定位

  国家基因组科学数据中心(National Genomics Data Center,简称NGDC)于2019年6月5日经科技部、财政部通知公布,由中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)作为依托单位,联合中国科学院生物物理研究所和中国科学院上海营养与健康研究所共同建设。中心面向我国人口健康和社会可持续发展的重大战略需求,建立生命健康组学大数据储存、整合与挖掘分析研究体系,研发生物多样性与健康大数据汇交、应用与共享平台,发展大数据系统解析与转化应用的新技术和新方法,建设支撑我国生命科学发展、国际知名的基因组科学数据中心。

定位与目标

  二、中心运行机制与组成

  中心主任:鲍一明研究员

  中心副主任:章张研究员, 赵文明正高级工程师

  工作团队:组学原始数据归档库、基因组数据库、基因组变异数据库、基因表达数据库、表观基因组数据库、生命科学维基知识库、中国人群参比数据库、生物信息工具库和系统运维部等九个工作团队。

组织与结构

国家基因组科学数据中心集体照

  三、年度主要科研进展

  1. 数据资源建设取得阶段性进展

  2020年,中心开发了8个全新数据库(2019nCoVR,Aging Atlas,BrainBase,CGIR,GTDB,LncExpDB,scMethBank和TransCirc),更新和丰富了多个核心数据库资源(BioProject,BioSample,GSA,GWH,GVM,GEN和生物多样性资源等),涉及疾病、衰老、调控和生物多样性等多个前沿领域,初步形成我国生物数据安全汇交管理和多组学数据平台的国家中心数据资源体系。数据库建设整体情况以“Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。

  中心免费向国内外用户提供方便快捷的多组学数据汇交和存储服务。截至2020年12月,已汇交来自343个单位1206个用户递交的超过6PB的组学数据,相关数据发表于203种国内外期刊的466篇文章。GSA被国际著名出版商Elsevier收录为指定的基因数据归档库。生物大数据搜索引擎BIG Search系统整合了中心与合作单位以及EBI、NCBI的重要数据资源,实现海量、异构生物数据的一站式跨库高效检索。

国家基因组科学数据中心核心数据资源

  2. 发布2019新冠病毒信息库

  1月22日,中心率先发布 “2019新型冠状病毒信息库”(2019nCoVR),并始终保持全球最新、最完整的新冠病毒基因组数据发布动态,是目前全球收录信息最全和访问最多的新冠病毒序列信息库之一。截至12月25日,已收录全球292,247个新冠病毒基因组序列信息,为全球175个国家/地区18万余访客提供数据服务,累计数据下载近2亿条,国外访客占比高达60%。信息库的建设被列入国家《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书,被新华社、CCTV等多家媒体报道,为推动我国和全球新冠病毒生物信息数据汇交与共享、科研攻关起到了重要支撑作用。

  2019nCoVR信息资源  

  3. 发布基因组序列变异库2.0版

    为实现不同生物遗传资源变异组学科学数据的开放共享与安全管理,中心开发了国内规模最大的多物种基因组序列变异库GVM(Genome Variation Map),并于2020年9月份完成GVM2.0版的数据更新与功能升级。该研究成果以“Genome Variation Map: a worldwide collection of genome variations across multiple species”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。

GVM数据库六大数据模块及数据量

  4. 开发人类长非编码RNA表达数据库

  人类长非编码RNA(lncRNA)的功能注释是人类基因组研究的重要内容和巨大挑战。为此,中心开发了lncRNA表达数据库LncExpDB,致力于提供多生物学场景的lncRNA表达谱,鉴定具有潜在功能的lncRNA,促进lncRNA的功能实验研究。该研究成果以“LncExpDB: an expression database of human long non-coding RNAs”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。

LncExpDB数据审编与分析流程

  四、年度获奖与荣誉

  2020年研究生国家奖学金:刘琳、张源笙

  2020年中国科学院大学奖学金:陈铭

  2020年北京市普通高校优秀毕业生:王佩

  2020年中国科学院大学优秀学生干部:李兆华

  2020年中国科学院大学三好学生:宫政、金彤、李乾鹏、李兆华、刘晓楠、钱启衡、时硕、滕徐菲、王钟凰、张洪魁、张韬、张亚东、张阳、张源笙、朱彤彤

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